Trudna jest do przedstawienia historia szkoły przed II wojną światową, gdyż nie zachowały się dokumenty źródłowe. Wiadomo jednak, że szkoła wymieniana jest w ,,Opisie królewszczyzn w województwach chełmińskim, pomorskim i malborskim w roku1664'', zaś w 1760 roku wymieniany jest organista Dawid Jante, który uczył dzieci z Malenina, Mieścina i Miłobądza. Wiadomo także, iż w r. 1866 w szkole uczyło się 81 uczniów.Informacje o latach 1940-1945 zachowały się jedynie w strzępach starych kronik szkolnych. Wynika z nich niezbicie, że w szkole dbano o wychowanie patriotyczne dzieci. Przedwojenny kierownik Jan Klein został zamordowany 23 listopada 1939 roku w Lesie Szpęgawskim. Po wojnie szkoła została uruchomiona dopiero 9 listopada 1945 roku, a jej pierwszym kierownikiem został Franciszek Różanowski.  14 października 2000 roku Szkole nadano imię Obrońców Pomorza Gdańskiego, a ówczesny Marszałek Województwa Pomorskiego - Jan Zarębski - ufundował sztandar jako wyraz uznania dla patriotycznego wychowania dzieci i młodzieży. W tym samy dniu odsłonięto na terenie szkoły pomnik poświęcony zamordowanym w czasie II wojny światowej mieszkańcom Miłobądza oraz odbyły się uroczystości 750-lecia naszej miejscowości.